Tempi di consegna referto: 7 giorni lavorativi dall’arrivo del campione.
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Pannello (Costo reagenti)* |
Varianti geniche indagate (rs code) |
Metodica di elezione |
Note su prelievo |
Significatività clinica |
ONCOLOGIA: test di prevenzione primaria |
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K. Mammella (pannello Essenziale) |
BRCA1 esone 17 1499 insA; BRCA1esone 17 5832 insC; BRCA1esone 17 188 del 11bp; BRCA2 esone 11 5445 del-4; BRCA2 esone 21 6174 del T |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
*Il pannello esteso ha un costo doppio comprende le seguenti microdelezioni addizionali: BRCA1 3596del4; 4172insT; 5677ins A; 5083del 19; 185delAG; 5382insC : BRCA2 : 6696delTC; 9189del4; |
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K Mammella |
BRCA1 e BRCA2 intero gene |
NGS Miseq |
idem |
Sequenza completa con analisi bioinformatica |
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K Mammella |
BRCA1 e 2 intero gene |
MLPA |
idem |
Ricerca ti tutte le varianti presenti |
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Poliposi Intestinale Familiare |
APC (Adeno-poliposys carcinoma) |
NGS |
idem |
Valutazione della predisposizione all’adenoma poliposica Familiare di trasmissione ereditaria. |
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K colon-retto (pannello essenziale) |
Microsatelliti hMSH2 esone 7, Pro390Phe; 1168C>T; (rs hMLH1 esone 16, Pro581Leu, 1742C>T (rs ERCC2 Lys751Gln 35931A>C (rs13181) |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
I microsatelliti a carico dei geni hMLH1 e hMSH2 sono brevi sequenza di DNA che possono trasformarsi in maniera anomala in frammenti di lunghezza variabile che rendono il DNA instabile e quindi suscettibile di trasformazione neoplastica (Grady et Al. Gastroenterology 2008;135(4):1079-1099). Tali mutazioni si riscontrano nel 15% dei Carcinomi del colon-retto (CRC) “sporadici” e per ben il 95% in CRC ereditario NON poliposico. ERCC2 fenotipo C/C Gln/Gln è associato ad una peggiore outcame (OS) dovuto a tossicità da platinati nella popolazione caucasica (Yin M et Al. 2011 Clin Cancer Res 17(6);1632) |
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K Colon |
Tutti i Microsatelliti e sequenza completa di MSH2 e MLH1 |
NGS |
idem |
Valutazione della predisposizione al K colon |
Oncologia: test di diagnosi precoce e prevenzione/monitoraggio delle recidive |
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Epigenetica carcinoma polmonare: |
stato di metilazione del 5’UTR di p16, p15, GSTP1, DAPK, O6MGMT5 |
Methylation Sensitivity-PCR |
Agobiopsia, Broncoaspirato Espettorato A 4°C |
Il test permette l’identificazione dello stato di metilazione del promotore dell’oncosoppressore p16, p15, del gene 06- metilguanina DNA metiltransferasi (MGMT); DAP Kinase, Glutatione S-Transferase (GSTP1) e del gene hMLH1, coinvolto nel riparo del “DNA mismatch”, che presentano uno stato di ipermetilazione rispettivamente nel 25-35%, nel 40% e nel 20-30% dei tumori sporadici del Polmone, colon-retto mammelle/Ovaio (specifica BRCA1) e prostata (specifico GSTP1) |
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Epigenetica carcinoma colon-retto: |
stato di metilazione del 5’UTR di p16, MSH2, MLH1 |
Methylation Sensitivity-PCR |
Biopsia colon a fresco |
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Epigenetica carcinoma mammella-ovaio: |
stato di metilazione del 5’UTR di BRCA1, p16, GSTP1)5 |
Agobiopsia, A +4°C |
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Epigenetica carcinoma prostata |
stato di metilazione del 5’UTR di p16, GSTP1 |
liquido prostatico a +4°C |
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TP53 sequenza |
Mutazioni acquisite (somatiche) del Gene TP53 tra esone 3-esone 9 |
PCR + sequenza Direttive IARC |
Biopsie, sangue periferico o midollare in EDTA |
La biologia e le anomalie genetiche somatiche del clone Linfoproliferativo giocano un ruolo centrale nello sviluppo di chemiorefrattarietà. L’inattivazione di TP53 tramite delezione o mutazioni rappresenta la lesione genetica che ricorre più frequentemente nei carcinomi e leucemie linfatiche |
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Diagnosi precoce Linfocitosi B |
Rilevazione del riarrangiamento clonale del locus VDJ (cromosoma 14) nel gene che codifica le catene pesanti delle immunoglobuline |
PCR+Nested (BIOMED2) |
Biopsie, sangue periferico o midollare in EDTA |
Il test evidenzia una eventuale espansione clonale dei Linfociti B. Applicabilità: in tutte le sindromi linfoproliferative B (Linfomi Non Hodgkin, Mielomi, immunopatie) |
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Diagnosi precoce Linfocitosi T |
Rilevazione del riarrangiamento clonale del locus VDJ nel gene che codifica il T-cell receptor alfa/beta e gamma/delta |
PCR+Nested (BIOMED2 |
Biopsie, sangue periferico o midollare in EDTA |
Il test evidenzia una eventuale espansione clonale dei Linfociti T. Applicabilità: in tutte le sindromi linfoproliferative T (Linfomi Non Hodgkin, Timomi, immunopatie cellulari) |
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Diagnosi precoce sindrome mieloproliferativa cronica |
– traslocazione BCR/ABL t(9;22) (cromosoma filadelfia) nelle regioni Major, minor e micro-BCR -Mutazione puntiforme del gene JAK2 V617F |
PCR+Nested (BIOMED2 PCR- LNA |
sangue periferico o midollare in EDTA |
Il test evidenzia una eventuale espansione clonale dei mielociti. Applicabilità: in tutte le sindromi mieloproliferative (Leucemie croniche, Policitemie). |
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Pannello K tiroide Tir3a |
Mutazioni acquisite di NRAS Q61x, KRAS G12x, G13x Q61x, HRAS, BRAF V600E |
Real time PCR e conferma con Cold PCR |
Aspirato nodulo tiroideo |
Qualsiasi mutazione riscontrata e’ a supporto della diagnosi di K tiroide (papillifero) |
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Carcinoma Midollare Tiroideo |
RET Protoncogene Sequenza complete incluse traslocazione RET/PTC |
NGS Sequenza completa |
Aspirato nodulo tiroideo |
L’identificazione di qualsiasi mutazione acquisita di RET e’ diagnostica per K midollare tiroideo ed indica anche la prognosi sfavorevole. |
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OncoNEXT risk |
Screening completo delle mutazioni a rischio su DNA da biopsia o agoaspirato neoplastico, sulle mutazioni acquisite piu’ ricorrenti su oncogeni . Limite di detection 0,1% |
NGS |
Sangue periferico |
Copre le mutazioni a Rischio per Mammella, Ovaio, Colon, Cerebrale, Prostata, Paraganglioma, Renale, Melanoma, Gastrico, pancreas |
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DNA Tumorale circolante da masse neoplastiche |
quantizzazione del gene hTERT nel plasma. Limite di detection 0,001% |
Plasma da sangue periferico in EDTA |
La concentrazione media di Free Plasmatic DNA (FPDNA) misurata attraverso la quantizzazione del gene hTERT, nei controlli sani è in media di 1.2 ±0.8 ng/mL (range 0.1-2.0). Il valore soglia (cut-off) per definire la positività a tale marcatore è stato calcolato sommando alla media due volte il valore della deviazione standard, ed è stato fissato a circa 2,8 ng/mL. (Sozzi Get al. Quantification of free circulating DNA as a diagnostic marker in lung cancer. J Clin Oncol 2003; 21: 3902-8) |
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BIOPSIA Liquida Onconext 15 geni |
Screening del DNA tuorale circolante sulle mutazioni acquisite piu’ ricorrenti su 15 oncogeni . Limite di detectio 0,1% |
NGS |
Sangue periferico |
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BIOPSIA Liquida Onconext 50 geni |
Screening del DNA tuorale circolante sulle mutazioni acquisite piu’ ricorrenti su 50 oncogeni . Limite di detectio 0,1% |
NGS |
Sangue periferico |
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Farmacogenomica Oncologica: test di predizione di tossicità o inefficacia della terapia |
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Protocolli FOLFOX (Folati 5-FU e Oxaliplatino) |
5 Polimorfismi DPYD IVS14+1G>A; rsrs3918290 DPYD A1627G rs1801159 TYMSins28bp, rs34743033 GSTP1 I105V rs1695 |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
Circa lo 0’1% della popolazione caucasica presenta il polimorfismo della Diidropirimidina deidrogenasi (DPYD).Tale condizione produce un difetto di metabolizzazione delle Fluoriopirimidine con conseguente tossicità di grado>3 (aplasia e mucositi). Se sinergizzato ad altri polimorfismi come TYMS 3R/3R o difetto di detossificazione di platinati (GSTP1) questa condizione potrebbe essere addirittura letale. Di Francia R et Al Pharmacogenetic panel test for prevention-toxicity in patiente who recieve fluoropyrimidines/oxaliplatin based-therapy Eur Rev Med and Pharmac Sci 2012; 16. 1211-17 |
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Protocollo FOLFIRI (Folati 5-FU e Irinotecan) |
3 polimorfismi: DPYDIVS14+1G>A e altri 4 TYMSins28bp, UGTA1A TA6/7 |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
Per 5-FU idem sopra; soggetti con eterozigosi o omozigosi per 7 ripetizioni TA (sindrome di Gilbert) hanno un difetto di metabolizzazione dell’Irinotecan. Falcone A et Al. Phase III trial of infusional FOLFOXIRI vs FOLFIRI……J Clinical Oncology 2007; 25: 1670-6 |
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Protocolli GEMOX (Gemcitabina e Oxaliplatino) |
5 polimorfismi: CDA C-451T CDAA-92G CDA A79C, Lys27Gln ERCC2 Lys751Gln GSTP1 Iso105Val rs1695 |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
La citidina deaminase è il principale metabolizzatore di Gemcitabina e Citarabina nonche di Capecitabina. I polimorfismi identificati danno informazioni sull’efficienza di questo enzima e spiegano la inefficacia di questi farmaci nel circa il 10% dei pazienti. Kalykaki A et Al Gemcitabine plus oxaliplatin (GEMOX) in …ovarian cancer Anticancer Res. 2008 Jan-Feb;28(1B):495-500 |
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Tossicità agli alchilanti: |
5 polimorfismi: GSTP1, rs1695 ERCC2, rs13181 XRCC3, rs1799794 PARP-1 Val762Ala rs1136410 |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
L’inefficacia e la resistenza dei farmaci alchilanti è dovuta soprattutto alla capacità di riparazione degli addotti di DNA (polimorfismi su ERCC2, XRCC1 e 3, PARP1. Mentre la tossicità è dovuta soprattutto ad inefficienza dei sistemi detossificanti (GSTP1). |
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Tossicità ai Taxani: |
5 polimorfismi: ABCB1 3435C>T; ABCB1 2677G>T/A CYP3A4*22 5’UTR (rs35599367) CYP2C8*3 K399R (rs10509681) XRCC3 Thr241Met |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
Il target dei Taxani è la B-Tubulina (soprattutto la II e la VI). Pertanto fenomeni di resistenza si instaurano quando queste risultato alterate per determinati polimorfismi. Tale fenomeno di resistenza viene sinergizzato da iper espressioni delle proteina canale MDR (ABCB1). La tossicità neurologica dei taxani è correlata con il CYP3A4*22 ed il CYP2C8*3 Leandro-Garcia et Al Regulatory Polymorphisms in B-Tubulin IIa… neurotoxicity . Clin Cancer Res 2012;18:4441-8 |
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Tossicità al Metotrexate e Premetrexed |
3 polimorfismi: MTHFR C677T MTHFR A1298G, CYP2C8*3 K399R (rs10509681) |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
I polimorfismi della Methylen Tetra Hydrofolate reduttase correlano con tossicità per i loro farmaci target. Cecchin et Al A Prospective validation pharmacogenomics study… The Pharmacogenomics Journal 2012; 1-7 |
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Tossicità al Tamoxifen: |
5 polimorfismi: CYP 2D6*3 (rs35742686) CYP 2D6*4,(rs3892097) CYP2D6*5, (ricombinazione) CYP 2D6*10(rs1065852) CYP 2D6*XN (duplicazione genica) |
TaqMan Discriminazione allelica |
Tampone Sangue ecc. in EDTA a °T amb |
Il 5-7% della popolazione caucasica è lento metabolizzatore per il CYP2D6, pertanto i farmaci che utilizzano questa tappa metabolica e con una certa tossicità devono essere adeguatamente somministrati in base alla capacità metabolica individuale . |
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Resistenza Ad Imatinib nelle Leucemie Mieloidi Croniche |
Ricerca delle Mutazioni (comprese le più frequenti T315I e M351T) del gene di fusione BCR/ABL negli esoni tra 4-10 di ABL |
Sequenziamento diretto post RT-PCR del gene di fusione |
sangue periferico o midollare in EDTA |
Il 20% circa dei pz trattati con Imatinib e derivati produce resistenza a causa di mutazioni acquisite del gene target dell’Imatinib. Predire in anticipo questa resistenza permette di pianificare scelte terapeutiche alternative |
Studio approfondito di un gene |
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Sequenza completa della parte codificante di un gene (esoma) |
CDS da mRNA di un gene Mutazioni acquisite e Germinali |
Sequenziamento post RT-PCR del clonaggio del gene |
Biopsia fresca, Sangue periferico in EDTA |
Lo studio comprende il sequenziamento di un intero gene e la descrizione di ogni singolo polimorfismo riscontrato (frequenza e significatività clinica) |
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