Laboratorio Analisi - Genetica Neurologica

GENETICA NEUROLOGICA

Farmacogenomica

diagnostico

Geni interrogati

metodica

Razionale

Carbamazepina e derivati

HLA-B*1502 rs2844682 al locus 2239119G>A del cromosoma 6

RFLP

Eteroozigoti (A/G)  hanno una frequenza nella popolazione caucasica del 4% (in eterozigosi), con forte  abbassamento dell’efficacia di Carbamazepina e Fenitoina, e aumento di tossicità (Es. sindrome di Steven-Jonson e necrolisi epidermica);  (Klein K. Et al Clin Pharmacol Ther. 2012 Jun;91(6):1044-52

Farmaci Serotoninergici e depressione.

Sindrome suicidio

5 HTTLPR alias SLC6A4 (Rs25531 A>G)

TaqMan Discriminazione allelica

L’allele corto permette una minore efficienza nel reuptake della Serotonina; per cui  è strettamente correlato con l’efficacia dei farmaci Serotoninergici. Ma le correlazioni maggiori sono tra allele corto e soggetti con sindromi depressive, aggressive ecc.[ (Glatz, et. Al. 2003)  (Klein K. Et al Clin Pharmacol Ther. 2012 Jun;91(6):1044-52)

Farmaci Dopaminergici D2 selettivi

DRD2 Taq1AAlias ANKK1 Rs 1800497 32806C>T (Glu713Lys)

RFLP Taq1

Questo polimorfismo riduce l’efficacia di di farmaci antipsicotici nelle sindromi da deficit di apprendimento, sindromi coreiformi, ipermotilità, tics ecc . La frequenza dell’allele minore T è del 22% in eterozigosi nella popolazione caucasica

Fenitoina

CYP2C9 430C>T (CYP2C9*2) Cys144Arg, rs1799853

CYP2C9  1075A>C (CYP2C9*3)  I359L rs1047910

TaqMan Discriminazione allelica

L’Adeguamento del dosaggionei Poor Metabolizer  CYP2C9*2 e 3*(in eterozigosi), considerare una diminuzione fino al 50% controllando i livelli plasmatici di fenitoina. Mentre nei rari casi di omozigosi considerare terapia alternativa

Famiglia Citocromi P450

Tutti gli SNP significativi per CYP2A1, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A5 e altri

TaqMan Discriminazione allelica o NGS

Il pannello permette di delineare un profilo metabolico individuale, al fine di adeguare al meglio la politerapia

Disturbi neuromuscolari

Predisposizione al Parkinson

PARK1, SNCA, PARK2, UCHL1, PINK1, PARK7,  ATP13A2, GCH1, Park8 LRRK2  p.Arg1441Gly

GBA (1p22; glucocerebrosidasi

NGS in service

L’eziologia della LOPD ereditaria non è nota, ma si ritiene che alcune mutazioni nei geni SNCA (4q21.3-q22), LRRK2 (12q12) e VPS35 (16q12) siano responsabili della patogenesi. Le mutazioni eterozigoti di GBA (1p22; glucocerebrosidasi) costituiscono il fattore di rischio più comune per la PD

sindrome di Charcot-Marie-Tooth (CMT)

PMP22 (Peripheral Myelin Protein 22)

Sequenza completa

O

Array-CGH tutti i cromosomi    (1-22,X)x2

Tipo 1: sono le forme demielinizzanti, in cui la guaina che riveste il nervo, detta mielina, si consuma lentamente, alterando la conduzione nervosa. Infatti, nell’elettromiografia (EMG), la velocità di conduzione motoria (VCM) è inferiore a 38 metri/sec. L’ereditarietà autosomica è dominante (nella maggioranza dei casi) o recessiva o legata al sesso. Tra queste forme, si riconoscono la CMT1A, che è la più frequente (circa 80% dei casi di CMT) e il cui difetto genetico è una duplicazione del gene PMP22(della proteina mielinica periferica) sul cromosoma 17. Nella forma HNPP, neuropatia ereditaria con predisposizione all’addormentamento degli arti in certe posizioni, c’è nella maggioranza dei casi una delezione (assenza) dello stesso genePMP22. Nella forma CMTX, con una mutazione del gene della connessina 32, vi è ereditarietà legata al cromosoma X

Ataxia cerebro spinale

Costo €550,00

ATX1 e ATX2 9q21.11 Omim 606829

Sequenza completa

ripetizioni di 3 basi nucleotidiche, le cosiddette triplette CAG sul gene ATX oppure GAA sul gene FXN (friedrich’s ataxia). Atassia come SCA7 (con forte compromissione del nervo ottico); SCA1 (con blefarospasmo, distonia oromandibolare e torcicollo spasmodico); e soprattutto SCA3, la quale è caratterizzata da oftalmoplegia progressiva esterna (più lieve rispetto a SCA7)

Ataxia Spinocerebrale

SMN1 5q11.2 regione telomerica

SMN2 5q13.3 regione centromerica

NGS

Il 95% circa delle SMA è causato da delezioni in omozigosi () nel gene SMN1 (sia dell’esone 7, che degli esoni 7 e 8 (locato sul cromosoma 5q12.2-q13.3), che codifica per la proteina SMN (survival motor neuron)

CADASIL

Sequenza complete

Costo €550,00

NOTCH3

NGS in service

Sindrome di Rett

Costo €550,00

MCP2 (methyl CpG Binding Protein 2) NM_004992.3

Bisulfite MS-PCR

Questo test ha un Livello di evidenza clinica 3*; cioè evidenza clinica basata sulla dimostrazione scientifica (significatività p<0,05) di correlazione tra espressione genica-predisposizione allo sviluppo di sindrome di Rett, ma carente in una dimostrazione clinica su larga scala (livello di evidenza 1A e 1B

Sindrome di Martin-Belt e sindrome X-Fragile

FMR1  5’UTR Xq27.3

tecnica d

Ricerca di mutazioni (numero di triplette CGG) su intero esoma (regione codificante) del gene FMR1 mediante I disturbi del comportamento possono essere lievi (ansia, instabilità dell’umore) o gravi (comportamento aggressivo, autismo)

Corea di Huntington

Gene HTT  sequene zripetute di citosina – adenina – guanina (CAG)

NGS

n base al codice genetico, la tripletta CAG codifica per l’aminoacido glutammina. Da ciò, una ripetizione della sequenza CAG dà origine ad una catena di glutamine o “poliglutaminica”. Una ripetizione trinucleotidica sino a 35 unità di sequenze CAG è considerata normale. Quando, invece, il gene HD presenta più di 40 ripetizioni delle tripletta CAG, la forma alterata della proteina huntingtina che viene prodotta determina la malattia nel corso della vita (malattie da poliglutamine).

Distrofia Miotonica di Steinert (DMPK)

DM 1 Triplette CTG del gene DMPK localizzato sul cromosoma 19.

DM 2 dell’espansione ripetuta del CCTG nel gene CNBP (precedentemente noto come ZFN9) sul cromosoma 3q21.3.

NGS

La distrofia miotonica colpisce circa 10 casi/100 000. La trasmissione è autosomica dominante a penetranza variabile. Due tipi sono conosciuti, con loci genici differenti. La distrofia miotonica di tipo 1 (DM1) comporta l’espansione di una ripetizione trinucleotide CTG del gene DMPK localizzato sul cromosoma 19. La distrofia miotonica di tipo 2 (DM2) è più lieve e comporta una mutazione del gene della proteina legante l’acido nucleico cellulare CNBP.

Sindrome di Reiter

Sindrome Bowel inflammator disease

HLA-B*27 dell’esone 3 del gene HLA-B  posizionato sul cromosoma 6 locus 21.3

PCR allelic discrimination

La proteina HLA-B*27 è espressa  fortemente associata con un numero di patologie reumatiche, incluso la spondilite anchilosante (espressa nel 90% dei pazienti), la sindrome di Reiter, l’uveite anteriore acuta e la malattia infiammatoria intestinale (inflammatory bowel disease).. Bibliografia: Seipp M.T. et al. Cytometry B Clin Cytom. 2005;63B:10-15

Sindrome Duchenne-Becker –

19 delezioni/mutazioni del gene DMD su cromosoma X

NGS

Distrofia muscolare dovute a mutazioni recessive legate all’X, correlate al deficit di distrofina nei muscoli cardiaco e scheletrico, che evolve in lesioni necrotizzanti progressive. Il gene della distrofina (DMD) è localizzato sul cromosoma Xp21.

Rischio Trombotico

Pannello  Base

6 polimorfismi:

MTHFR C677T

MTHFR A1298G,

FII (Protrombina)

FV Leiden

ACE I/D

PAI-1 4G/5G

Le mutazioni aggiuntive sono:, , Beta-Fibrinogeno, APOE, FV HR, FV YC, FVII, FXIII, HPA, MTRR, CBS,

TaqMan Discriminazione allelica

Il pannello mira a valutare le mutazioni di maggior peso per la predisposizione genetica al rischio trombotico nei numerosi campi specialistici, come la Neurologia (rischi ictus), cardiologia (rischio infarto), Ginecologia (aborto spontaneo ricorrente e/o rischio pre-clampsia).

Emicrania Familiare

ATP1A2, CACNA1A, KCNK18, NOTCH3, POLG, SCN1A, SLC2A1

NGS

Utile per adeguare il dosaggio del Frovatriptan (Auradol)

Sequenza completa della parte codificante di un gene  (Esoma)

CDS da mRNA di un gene

Sequenziamento  post RT-PCR e clonaggio del  gene

Lo studio comprende il sequenziamento di un intero gene  e la descrizione di ogni singolo polimorfismo riscontrato (frequenza e significatività clinica)

Array_CGH ad alta risoluzione (50K)

Screening di delezioni, inserzioni e duplicazioni di locus cromosomici.

Resistenza alla Proteina C attivata

Rischio trombotico

Ab anti fosfolipidi IgG IgM

Rischio trombotico

LAC

Rischio trombotico

Omocisteina plasmatica

Rischio trombotico

AB Anti nucleo

AB anti muscolatura liscia

Tutti gli anticorpi